Hacettepe Üniversitesi Bilişim Enstitüsü, 8 Kasım 2003 tarihli 25283 sayılı Resmî Gazete'de yayınlanan Bakanlar Kurulu kararı ile içermiş olduğu dört ana bilim dalı ile birlikte kurulmuştur.

İlk enstitü müdürümüz ve kurucumuz üniversitemiz Mühendislik Fakültesi, Bilgisayar Mühendisliği Bölümü Öğretim Üyelerinden Prof. Dr. Ersin Töreci'dir.